Maeharaさん,
まだ効率的な一括変換を実現する目処がたっていませんが、これまで調べたことを報告します。
結論からいうと、CSSやJavaScriptではフォントの一括変換を実現するのは難しそうです。
まず、Google SitesはCSSをサポートしていないため、CSSを使ってフォントの一括変換を行うことはできないようです。
JavaScriptについては、<script>タグをページに埋め込むことはできませんが、「ガジェット」という機能を使ってJavaScriptを実行させる事自体は可能です。ただしこの場合でも、技術的な制限によりJavaScriptでページ全体のスタイル設定ができないようになっているため、やはりフォントの一括変換はできません。
代替手段として、フォントの一括変換を行うアプリケーションを作成する余地がないか、現在調べています(全ページを巡回して、強調文字、最強調文字のフォントを変えるようなアプリケーション)。
数日中には調査が終わると思いますので、終わり次第また報告します。